膜的使用寿命取决于膜的化学稳定性，但在实际操作时，总会有一定频度的开机和停机。当膜系统停机时，用其产水或通过预处理合格的水进行低压冲洗，从膜元件中置换掉高浓度但含有阻垢剂的浓水。

还应采取措施预防系统内水漏掉而引入空气，因为元件失水干掉的话，可能会产生不可逆的产水通量损失，如果停机小于24小时，则无需采取预防微生物滋生的措施。但停机时间超过上述规定，应采用保护液作为系统保存或定时冲洗膜系统。

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